München im September 1972: Bei den Olympischen Sommerspielen dringen palästinensische Extremisten der Gruppe "Schwarzer September" in das Olympische Dorf ein, erschießen zwei Mitglieder der israelischen Olympia-Mannschaft und nehmen neun weitere als Geiseln. Sie fordern die Freilassung von mehreren hundert palästinensischen Gefangenen in Israel. Die israelische Ministerpräsidentin Golda Meir lehnt jede Verhandlungen mit den Terroristen strikt ab. Bei einer Befreiungsaktion durch Sondereinheiten der Polizei in Fürstenfeldbruck sterben alle Geiseln, drei der Terroristen überleben. Daraufhin startet der israelische Geheimdienst Mossad eine Vergeltungsaktion gegen zwölf Hintermänner der palästinensischen Terrororganisation, die in Paris, Athen und anderen europäischen Städten ein bürgerliches Leben führen. Mossad-Agent Avner Kauffman wird mit der "Eliminierung" dieser Personen beauftragt. Nach den ersten Toten kommen ihm jedoch Zweifel an der Rechtmäßigkeit seines Tuns, zumal plötzlich auch seine eigene Familie bedroht wird.
Trotz des Titels ist Steven Spielberg in seinem Politthriller nicht an einer detaillierten Rekonstruktion der Ereignisse in München gelegen, die sein Film nur zu Beginn mit eingestreuten Dokumentaraufnahmen in Erinnerung ruft. Sein Thema sind vielmehr die Rache- und Vergeltungsaktionen der Israelis nach dem Massaker, wie sie in dem Buch "Die Rache ist unser" von George Jonas beschrieben werden. Dahinter steckt die auch heute brisante Frage, ob sich Terror und Terrorismus durch Vergeltungsfeldzüge bekämpfen lassen. Gegner/innen dieser Auffassung argumentieren, dass Racheaktionen einen Kreislauf weiterer Attentate nach sich ziehen. Um die Frage nicht nur rhetorisch zu stellen, sondern auch eine gedankliche Auseinandersetzung damit zu ermöglichen, legte Spielberg die Profile von Gut und Böse nicht von vorneherein eindimensional fest, sondern verlieh beiden Seiten gleichermaßen ein menschliches Gesicht. Dem jüdischen Regisseur Spielberg brachte dieses mutige Vorgehen harsche Kritik vor allem von israelischer Seite ein. Schließlich sah er sich genötigt zu erklären, dass sein Film nicht gegen Israel gerichtet sei. Emotionale Stimmungsmache kann man dem handwerklich soliden, wenn auch etwas zu lang geratenen Film, der mit Actionszenen äußerst sparsam umgeht, jedenfalls nicht vorwerfen, ebenso wenig seine um Aufklärung und ethische Grundsätze bemühte Haltung.